Hubungan Indonesia dan Jepang telah terjalin erat dalam berbagai bidang, khususnya pendidikan, budaya, teknologi, dan ekonomi. Jepang menjadi salah satu negara tujuan utama pelajar, mahasiswa, serta tenaga kerja Indonesia untuk meningkatkan kualitas sumber daya manusia. Di sisi lain, kebutuhan akan pusat pembinaan, pendampingan, dan penguatan identitas keislaman serta kebudayaan Indonesia di Jepang semakin meningkat.
Muhammadiyah sebagai organisasi Islam modern yang berfokus pada dakwah, pendidikan, dan pemberdayaan masyarakat memiliki peran strategis untuk menghadirkan sebuah pusat kegiatan yang mampu menjembatani interaksi budaya Indonesia–Jepang secara konstruktif. Kehadiran Muhammadiyah Indonesia-Japan Cultural Center (MIJ-CC) diharapkan menjadi pusat integrasi antara fungsi sosial, pendidikan, keagamaan, dan kewirausahaan halal.
MIJ-CC tidak hanya berfungsi sebagai pusat dakwah dan budaya, tetapi juga sebagai hub pengembangan SDM melalui program pelatihan, pertukaran budaya, serta dukungan akademik bagi siswa dan mahasiswa Muhammadiyah yang ingin melanjutkan studi ke Jepang. Selain itu, pengembangan unit usaha yang berkelanjutan akan mendukung kemandirian ekonomi lembaga.